中国对湿地恢复的研究与实践相对较晚，最初主要是针对湖泊的富营养化进行治理。20 世纪 70 年代，中国科学院水生生物研究所 , 利用水域生态系统中藻菌共生的生态工程技术 , 改善了污染严重的湖北鸭儿湖湿地的水质。此后 , 对东湖、巢湖、滇池、太湖、洪湖、保安湖、鸭儿湖、白洋淀等浅水湖泊的富营养化控制和生态恢复进行了大量的研究 , 获得了许多成功的经验。洞庭湖的湿地生态工程模式 , 减少入湖泥沙量 , 稳定湿地面积 , 保障湖泊的调蓄功能。云南洱海湖滨带的生态恢复，提出水生植被恢复、防护林或草林复合系统、污水处理、林基鱼塘等湖滨带生态恢复技术。
建立自然保护区能够减少人类活动对湿地的干扰和破坏，是保护湿地及其赖以生存的野生动植物的基本手段。中国从 20 世纪 70 年代开始建立湿地自然保护区，截至 2004 年底，中国已建立湿地自然保护区 353 处，面积达 1600 万 hm2，使我国 44% 的天然湿地和 33 种国家重点保护水禽在保护区内得到了较好保护。这些自然保护区的建立抢救性地保护了一批濒危野生动物的栖息地，在维护湿地生物多样性和湿地资源方面起到了显著的效果。 《全国湿地保护工程规划》提出的总体目标是到 2030 年，使全国湿地保护区达到 713 个，国际重要湿地达到 80 个（印红，2005） 。
东洞庭湖湿地保护区
湿地污染是湿地退化重要标志，也是中国湿地面临的最严重威胁之一。工业废水和生活污水排放，以及农业面源污染使许多河湖（如巢湖、滇池、太湖等）湿地及沿海水域水质恶化，加速某些湿地水体富营养化和寄生虫的流行，生物多样性受到严重危害。
我国的主要湖泊中有52% 以上受到不同程度污染，主要污染物是CODMn、酚、氨氮等。同时湖泊普遍受到氮、磷等营养物质的污染，富营养化程度严重，75％的天然和人工湖泊出现富营养化；其中10% 的湖泊达到严重的富营养化程度（王苏民等，1998）。
我国江河水质污染主要为耗氧有机物。1999 年全国工业和城市生活废水排放总量401 亿吨。据对辽河、海河、黄河、淮河、长江、珠江、松花江等水系监测，有63.1% 的河段水体遭到污染。长江接纳污水量最大，平均每日接纳废污水量达3569万吨（ 沈茂成，2000）。2005 年，长江、黄河、珠江、松花江、淮河、海河和辽河等七大水系的411个地表水监测断面中，Ⅰ～Ⅲ类、Ⅳ～Ⅴ类和劣Ⅴ类水质的断面比例分别为41％、32％和27％。其中，珠江、长江水质较好，辽河、淮河、黄河、松花江水质较差，海河污染严重。主要污染指标为氨氮、五日生化需氧量、高锰酸盐指数和石油类。低于Ⅳ类水质的水，由于水中有害物质含量已高出有关规定的指标，影响人体健康，不能作为饮用水，也不能作为渔业用水。
海岸带湿地水质和底质污染主要是由陆源污染物引起的。沿海10 个省（自治区、直辖市）每年排入海中污染物总量657 万吨（国家海洋局，1996）。其中以有机污染物为主，占93.51%，其次是石油类、重金属、有机氯农药等。海岸带污染引起赤潮发生频繁、生物资源质量下降、局部滩涂成了死滩（杨积武，2001）。
鸟类是湿地狩猎的主要对象。过度猎捕、捡拾鸟蛋是导致水禽种群数量下降主要原因。栖息地的破坏，对水禽的繁殖和越冬的影响尤为重要。以三江平原湿地区国家一级保护动物东方白鹳为例，在20 世纪70 年代以前约500 ～ 900 只，随着三江平原沼泽地开发和过度狩猎水鸟，至20 世纪末仅有40 ～ 60 只（图1）。
图1 30年来三江平原东方白鹤数量变化
青海湖湖区人口比1949 年增加了4 倍，环湖区开垦面积达20 万hm2 左右，脊椎动物减少了34 种，鹈鹕自70 年代就已绝迹，鸬鹚在60 年代有7500 只，现在约有4000 只，斑头雁仅10 年就减少1200 只。
洞庭湖鱼类的天然捕捞量已由20 世纪50 年代的3070万kg，降至80 年代的1500 万kg；鱼类的种数也从114 种减少到80 种。另外，江湖阻隔使原有的海水—淡水湖洄游的珍贵鱼类（除鳗等少数种类外）几乎濒临绝迹。三江平原区原有“棒打狍子瓢舀鱼”的民谚，鱼类资源丰富。随着过度捕捞、捕杀亲鱼和酷捕幼鱼，加上水域污染，中小河流的鱼类资源较30 年前减少了70% 以上，许多河段已无鱼可捕。
红树林区是鱼、虾、蟹、贝类栖息繁殖的重要场所。海南岛水产研究所曲口试验场，1963 年红树林较多，年产鱼虾约3 万kg，1969 年红树林被砍光后，年产鱼虾仅有2000 kg（宋晓军等，1998）。
外来物种入侵导致了湿地物种多样性丧失。据统计全国已知入侵湿地的外来水生和湿生植物约10 种，如疯长成灾的凤眼莲（水葫芦）和迅速蔓延的大米草被认为是全国最具威胁的外来物种；湿地中外来入侵动物还有53 种（王虹扬，2006）。
天然湿地丧失导致生态与环境恶化表现在土壤侵蚀加剧和局部沙化，并造成土壤肥力下降。
东北三江平原草甸沼泽土开垦后，土壤水分减少，由嫌气变为好气环境，有机残体分解加快，使得土壤容重和土粒容度增大，孔隙度减小，不合理耕种使土壤变得越来越黏重，导致抗涝和抗旱能力下降。
天然沼泽土壤在常年积水和过湿环境下，积累了大量的有机质，当开垦后，不但停止积累，而且有机质开始分解。开垦初期土壤表层有机残体分解，潜在土壤肥力得到发挥，有利农作物生长。然而掠夺式开发，忽视土壤养分恢复和积累，导致肥力下降。
若尔盖高原湿地区，自1955 年以来累计疏干沼泽约20 万hm2，随着沼泽地排水植物群落发生变化，局部出现沙化。沙化面积由20 世纪60 年代末的9016hm2，扩展到2005 年的41 560hm2，沙漠化面积增加了460%（赵魁义，2000）。
由于湿地开荒和围垦，湿地面积大幅度减少，使流域内湿地对河川径流的调节功能削弱与丧失。据统计，仅36 年间湖泊围垦丧失的调蓄容量就达350 亿m3，其中洞庭湖为96.5亿m3，鄱阳湖为45 亿m3。
由于河流上游森林遭到砍伐和破坏，河流含沙量增加，湿地淤积严重。据估算，长江流域40 年来累计淤积泥沙50 万亿m3，其中洞庭湖43 亿m3，鄱阳湖4 亿m3，长江中下游河道3 亿m3。黄河下流累计淤积泥沙80 多亿m3。泥沙淤积也是导致湿地退化和洪水泛滥的重要原因。
东北地区嫩江下游及嫩江与松花江汇合处以北湿地广布，原有湿地面积约201.9 万hm2，按每公顷储水1800m3 计，可储水约36.34 亿m3，若加上湖泊平水期蓄水量47 亿m3，蓄水总量可达83.34 亿m3，相当于嫩江年径流量的39.4%，对削减洪峰起到重要作用。但由于连年开垦，沼泽与沼泽化湿地减少到82.41 万hm2，加上沿江筑堤束水行洪，切断了江河与湿地的水力联系，迫使洪水在受限的过水断面向下游推进，这就是1998 年嫩江流域特大洪水灾害的主要原因之一（刘兴土等，2001）。
古都西安市曾有“陆海”之称，历史上的西安沼泽密布、河溪成网，直到20 世纪60 年代，沼泽和沼泽化湿地仍为6923 km2， 2000年只剩下136 km2，减少了98.04%（王亚文等，2005）。
天津是一个近海城市，20 世纪20 年代全区水域面积5847 km2，占全区总面积45.9%。由于城市拓展，河流改道，淤积造田，到2000年全市湿地面积仅存35.83 万hm2，减少到占全区面积的3.1%（曹喆等，2004）。
石油城——大庆市是建设在一片沼泽和盐碱荒原之上的城市。据1986 年与2001 年卫片解译对比，该区湿地面积由63.27 万hm2 减少到45.13 万hm2，减少了28.7%（刘兴土等，2001）。
我国现有近海及海岸带湿地约594.9 万hm2，其中海涂面积235 万hm2，50 多年来已累计围垦滩涂达119.2 万hm2，加上城乡工矿占地96.5 万hm2，人工养殖面积19.5 万hm2，共计占天然湿地面积40%（杨国宏等，1997）。
20 世纪50 年代我国红树林面积4.85 万hm2（未包括港澳台地区），但是近几十年来，随着海岸带开发强度的日趋扩大，红树林遭到严重破坏，目前全国的红树林仅存2.2 万hm2，已有很多地区的红树林荡然无存，海南岛的红树林面积已由原来的8000hm2，减少到现在的2000hm2，红树林的大面积消失，不仅使许多生物失去栖息场所和繁殖地，也失去了保护海岸的功能（宋晓军等，1998）。
若尔盖高原沼泽区自20 世纪50 年代起在沼泽地开沟排水，疏干沼泽辟为牧场，70年代开展大规模排水，目前已排水疏干沼泽20 余万hm2。特别是近来年又提出“截水、排水结合，疏干沼泽”，即在沼泽湿地挖排水沟的同时，修建截水工程，彻底断绝沼泽湿地的水源补给，进一步加速沼泽湿地的疏干和退化。随着沼泽湿地疏干排水，地表无积水，沼泽植物群落向草甸方向变化，植物生长高度变矮，产草量下降，土壤有机质和腐殖质含量下降，pH 值增高，局部出现盐渍化，沙化土地面积急剧扩大（赵魁义，2000）
沼泽、河流泛滥地，湖泊及湖滨滩地是调蓄洪水的天然场所。长江中下游地区湖泊众多，水网交错。但是，随着经济的发展和人口的增加，人与水争地的现象日益严重。围湖造田和泥泞淤积使湖泊容积大为减少的同时，也大大增加了洪水的威胁。
20 世纪50 ～ 70 年代， 长江和淮河中下游地区再次掀起了大规模围垦的热潮，使湖泊面积减少约12 000km2,因围垦而消失的大小湖泊近1000 个。五大淡水湖从1949 年至今共围垦3609.5km2， 其中， 洞庭湖围垦1700km2， 鄱阳湖1466.9km2，太湖528.5 km2，洪泽湖220.4km2，巢湖62.0km2。
到了20 世纪60 ～ 70 年代中期，江汉平原的一些浅水湖泊，如沉湖、排湖、三湖、回露湖、刁汉湖、米湖、鼓湖等相继消亡，湖泊面积则从20 世纪初的8330km2 减少到50 年代的5960 km2 和80 年代的2983km2（图1）。
图1 江汉平原及其周围区域湖泊围垦概况
湖北素有“千湖之省”的美誉。20 世纪50 年代有湖泊1066 个，总面积达8300km2，但目前仅存309 个，总面积缩小到2656km2。
经过几十年的围垦，全国湖泊及湖滨滩地造田面积130 万hm2，超过了五大淡水湖面积之和，平均每年因围湖减少湖泊面积14.69km2（据1949 ～ 1985 年统计），因围垦而消失天然湖泊近1000 个。