鸟类是湿地狩猎的主要对象。过度猎捕、捡拾鸟蛋是导致水禽种群数量下降主要原因。栖息地的破坏，对水禽的繁殖和越冬的影响尤为重要。以三江平原湿地区国家一级保护动物东方白鹳为例，在20 世纪70 年代以前约500 ～ 900 只，随着三江平原沼泽地开发和过度狩猎水鸟，至20 世纪末仅有40 ～ 60 只（图1）。
图1 30年来三江平原东方白鹤数量变化
青海湖湖区人口比1949 年增加了4 倍，环湖区开垦面积达20 万hm2 左右，脊椎动物减少了34 种，鹈鹕自70 年代就已绝迹，鸬鹚在60 年代有7500 只，现在约有4000 只，斑头雁仅10 年就减少1200 只。
洞庭湖鱼类的天然捕捞量已由20 世纪50 年代的3070万kg，降至80 年代的1500 万kg；鱼类的种数也从114 种减少到80 种。另外，江湖阻隔使原有的海水—淡水湖洄游的珍贵鱼类（除鳗等少数种类外）几乎濒临绝迹。三江平原区原有“棒打狍子瓢舀鱼”的民谚，鱼类资源丰富。随着过度捕捞、捕杀亲鱼和酷捕幼鱼，加上水域污染，中小河流的鱼类资源较30 年前减少了70% 以上，许多河段已无鱼可捕。
红树林区是鱼、虾、蟹、贝类栖息繁殖的重要场所。海南岛水产研究所曲口试验场，1963 年红树林较多，年产鱼虾约3 万kg，1969 年红树林被砍光后，年产鱼虾仅有2000 kg（宋晓军等，1998）。
外来物种入侵导致了湿地物种多样性丧失。据统计全国已知入侵湿地的外来水生和湿生植物约10 种，如疯长成灾的凤眼莲（水葫芦）和迅速蔓延的大米草被认为是全国最具威胁的外来物种；湿地中外来入侵动物还有53 种（王虹扬，2006）。