地质构造是地貌发育的基础，地壳运动造成的大规模褶皱、断裂等主要构造形态以及与之相伴的隆起和坳陷，控制着地貌的主要发展方向和平面格局，进而影响湿地的形成和发育。大断裂带之间或两组断裂带之间往往有利于湿地的形成和发育。因为断裂带之间容易发育成断陷盆地，在盆地内常常形成较平坦的沉积平原，有利于地表水汇集，形成湿地。地壳运动的形式对湿地的形成发挥着至关重要的作用。新构造运动缓慢下沉时，或保持相对稳定的速度下沉时， 对地面的侵蚀作用减弱， 在地面平坦或低洼地段， 由于不利于把水分排出去，形成地表过湿或薄层积水的环境，促使湿地成长发育；而当新构造运动上升时，由于强烈的侵蚀作用，导致地下水位下降，地表自然疏干，不利于湿地的形成。
青藏高原平均海拔 4000m 以上，是我国大陆地势上最高的一级台阶，也是地球上最高的一级地貌台阶，有“世界屋脊”之称。它既是一系列巨大山系和辽阔的高原面的组合体，也是近 300 万年来大面积强烈隆起的巨大的构造地貌单元。4000 万年以前，在现今青藏高原范围的南部还是一片汪洋大海，科学命名为古地中海，又名特提斯海（洋） 。目前对当时这一海洋的大小还有不同的认识。近年来根据新的研究成果，这个洋的深水部分宽度至少在 1500km 以上，如果再加上两侧宽阔的大陆架，洋面总的宽度可达数千千米。在北部，那时还有一些残留的海湾伸向陆地内部，如昆仑山北缘、塔里木盆地的西南缘和南天山的西南缘。可见高原北部当时虽已是陆地，但海拔并不高，濒临海洋，河流和湖泊纵横交错，属濒海平原到丘陵盆地面貌。那时青藏高原还没有形成，西藏南部还被海水所淹没着。根据古地磁的研究成果，现在的喜马拉雅地区当时还处于赤道附近，在 4000 万年前快速向北漂移，才与亚洲大陆碰撞相连接，青藏高原这块陆地从此诞生了。地球已有 46 亿年的历史了，而青藏高原地区仅在 4000 万年以来才形成统一的陆地，后经逐步抬升才形成我们今天所看到的高原面貌。由此可见，青藏高原形成于地球历史最晚时期的今天，她的成长历史还十分短暂而年青，直到现在还在继续发育成长。
青藏高原在近几百万年以来经历了大幅度强烈隆起抬升，其间也有相对沉降区，形成许多较大的山原宽谷地，如高原东南部的长江、黄河河源区，四川西北高原中的若尔盖山原宽谷区，以及那曲山原宽谷区等，这些新构造运动下降区是青藏高原湿地的重要分布区。新构造运动对青藏高原湿地的控制作用以若尔盖高原湿地最为典型。
在区域大规模上升运动中，沿老断裂带发生区域性断陷，而后又发生不均衡的相对下降而形成的昆明构造盆地以及黔西一些构造——岩溶盆地，这些地区都是沼泽的广泛发育区。
